Kamis, 13 Oktober 2011

Artikel Kimia

Artikel Kimia

Enzim Diklasifikasikan Berdasarkan Tipe Dan Mekanisme Reaksi

Posted: 12 Oct 2011 10:59 PM PDT

Satu abad lalu, baru ada beberapa enzim yang dikenal dan kebanyakan di antaranya mengatalisis reaksi hidrolisis ikatan kovalen. Semua enzim ini diidentifikasi dengan penambahan akhiran –ase pada nama substansi atau substrat yang dihidrolisisnya. Jadi, lipase menghidrolisis lemak (Yunani lipos), amilase menghidrolisis pati (Yunani amylon), dan protease menghidrolisis protein. Meskipun banyak sisa peristilahan ini masih tetap bertahan sampai sekarang, pemakaiannya sudah terbukti tidak memadai ketika ditemukan berbagai enzim yang mengatalisis reaksi yang berbeda terhadap substrat yang sama, misal, oksidasi atau reduksi terhadap fungsi alcohol suatu gula. Sementara akhiran -ase tetap digunakan, nama enzim yang ada sekarang ini lebih menekankan pada tipe reaksi yang dikatalisisnya. Sebagai contoh, enzim dehidrogenase mengatalisis pengeluaran hidrogen, sementara enzim transferase mengatalisis reaksi pemindahan gugus. Dengan semakin banyaknya enzim yang ditemukan, ketidakjelasan juga semakin tak terelakkan, dan kerap kali tidak jelas enzim mana yang tengah dibicarakan oleh seorang penyelidik. Untuk mngatasi permasalahan ini, International Union of Biochemistry (IUB) telah mengadopsi sebuah sistem yang kompleks tetapi tidak meragukan bagi peristilahan enzim yang didasarkan pada mekanisme reaksi. Meskipun kejelasan dan pengurangan keraguan tersebut membuat sistem nomenklatur IUB dipakai untuk ujian riset, nama yang lebih pendek tetapi kurang begitu jelas tetap digunakan dalam buku ajar dan laboratorium klinik. Karena alasan tersebut, sistem IUB hanya disampaikan secara sepintas.

1)      Reksi dan enzim yang mengatalisis reaksi tersebut membentuk enem kelas, masing-masing mempunyai 4-13 subkelas.

2)      Nama enzim terdiri atas 2 bagian. Nama pertama menunjukkan substrat. Nama kedua, yang berakhir dengan akhiran –ase, menyatakan tipe reaksi yang dikatalisis.

3)      Informasi tambahan, bila diperlukan untuk menjelaskan reaksi, dapat dituliskan dalam tanda kurung pada bagian akhir; misal, enzim yang mengatalisis reaksi L-malat + NAD+ ® piruvat + CO2 + NADH + H + diberi nama 1.1.1.37 L-malat: NAD+ oksidoreduktase (dekarboksilasi).

4)      Setiap enzim mempunyai nomor kode (EC) yang mencirikan tipe reaksi ke dalam kelas (digit pertama), subkelas (digit kedua), dan subsubkelas (digit ketiga). Digit keempat adalah untuk enzim spesifik. Jadi, EC 2.7.1.1 menyatakan kelas 2 (transferase), subkelas 7 (transfer fosfat), subsubkelas 1 (alcohol merupakan aseptor fosfat). Digit terakhir menyatakan heksokinase atau ATP: D-heksosa 6-fosfotrasferase, sebuah enzim yang mengatalisis pemindahan fosfat dari ATP ke gugus hidroksil pada atom karbon keenam molekul glukosa.

Pemurnian Protein Fusi Rekombinan

Posted: 12 Oct 2011 09:40 PM PDT

Disamping menghasilkan sumber yang kaya akan enzim, yang sangat memfasilitasi pemurnian, teknologi DNA rekombinan dapat digunakan untuk menciptakan protein termodifikasi yang dapat dimurnikan dengan kromatografi afinitas. Cara yang umum dilakukan adalah dengan mengikatkan kepada gen, sejumlah rangkaian nukleutida yang k\mengkodekan ekstensi protein sehingga terbentuk protein fusi yang merupakan ligand yang baik bagi penyangga afinitas spesifik. Salah satu pendekatan yang popular adalah dengan mengikatkan rantai yang terdiri atas lima atau enam asam amino histidin atau sebagai alternatif lain, domain pengikat substrat untuk enzim glutation S-trasferase kepada gugus terminal amino atau karboksil enzim yang bersangkutan. Protein fusi rekombinan trsebut kemudian dapat dimurnikan pada kolom afinitas yang berisi ion logam bivalen terikat seperti Ni2+ (untuk fusi dengan polihistidin) atau glutation terikat (untuk protein fusi glutation S-trasferase) (Gambar 8-6).Protein fusi sering mengandung tapak (site) pembelahan untuk protease yang sangat spesifik seperti trombin, pada regio yang menghubungkan kedua bagian dari protein fusi tersebut. Hal ini memungkinkan pengeluaran domain fusi tambahan tersebut setelah pemurnian afinitas.

Diposting oleh di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

Langganan: Posting Komentar (Atom)